Del gobierno local al impulso misionero
Una vez liberado de su cargo como superior, Bobola reanudó el camino misionero que ya había perseguido durante más de dos décadas. Su actividad se desarrolló en un territorio amplio, donde viajaba y buscaba el encuentro con personas alejadas o desorientadas en el ámbito religioso.
La tradición señala que en 1636 comenzó su labor misionera en las misiones lituanas. En esos años, Polonia y sus regiones cercanas sufrían el embate de Cossacos, rusos y tártaros, y la fe católica se convertía en objetivo de ataques tanto de protestantes como de quienes sostenían posiciones consideradas cismáticas. En ese contexto, la Compañía de Jesús soportó mucho, pero también llevó adelante una perseverancia pastoral tenaz.
Predicación, conversión y oposición
El núcleo de su misión incluyó el trabajo por la reconciliación eclesial, es decir, el retorno de personas separadas o alejadas a la comunión con la Iglesia de Roma, así como la conversión de católicos tibios o descuidados.,
Esa eficacia apostólica tuvo consecuencias. Su éxito en la conversión de «disidentes» atrajo el odio de las autoridades locales y de quienes veían amenazadas sus posiciones. De manera particular, se describe una persecución que, aunque revestida de formas aparentamente menores, resultaba humillante y constante: cuando entraba en ciertos pueblos, era recibido por grupos de niños instruidos para insultarle y querer acallarlo. La reacción de Bobola, según el relato tradicional, fue la de no perder la paciencia y mantener firmeza ante las amenazas.,