Poco después de la muerte de San Francisco, Antonio fue llamado de nuevo a Italia. A partir de entonces, residió en Padua, una ciudad donde había trabajado previamente, donde era muy querido y donde, más que en ningún otro lugar, tuvo el privilegio de ver el gran fruto de su ministerio. Sus sermones no solo eran escuchados por enormes congregaciones, sino que también condujeron a una gran y general reforma de la conducta. Se resolvieron amistosamente disputas de larga data, se liberó a prisioneros y los dueños de bienes mal habidos hicieron restitución, a menudo en público a los pies de San Antonio.
En interés de los pobres, denunció el vicio imperante de la usura e indujo al estado a aprobar una ley que eximía de prisión a los deudores que estuvieran dispuestos a desprenderse de sus posesiones para pagar a sus acreedores,. También se dice que se aventuró audazmente en presencia del truculento duque Ezzelino para abogar por la liberación de ciertos ciudadanos de Verona que el duque había capturado,. Aunque sus esfuerzos no tuvieron éxito, el respeto que inspiró es notable, ya que aparentemente fue escuchado con paciencia y se le permitió partir sin ser molestado.
Después de predicar una serie de sermones en la primavera de 1231, la fuerza de San Antonio se agotó, y se retiró con otros dos frailes a un retiro boscoso en Camposampiero. Pronto quedó claro que sus días estaban contados, y pidió ser llevado de regreso a Padua. Nunca llegó a la ciudad, sino solo a sus afueras. El 13 de junio de 1231, en el apartamento reservado para el capellán de las Clarisas Pobres de Arcella, recibió los últimos ritos y pasó a su recompensa eterna,. Tenía solo treinta y seis años.
Canonización y Doctorado de la Iglesia
Se presenciaron extraordinarias demostraciones de veneración en su funeral, y los paduanos siempre han considerado sus reliquias como su posesión más preciada. A menos de un año de su muerte, Antonio fue canonizado. El 30 de mayo de 1232, en Pentecostés, el Papa Gregorio IX lo inscribió en el calendario de los santos de la Catedral de Spoleto. En la bula de canonización, el Papa declaró haber conocido personalmente al santo y, habiendo escuchado uno de sus sermones en Roma, asombrado por su profundo conocimiento de la Sagrada Escritura, lo llamó: «Arca del Testamento»,.
Este título está bien fundamentado, como lo demuestran sus obras: «Expositio in Psalmos», escrita en Montpellier en 1224; los «Sermones de tempore» y los «Sermones de Sanctis», escritos en Padua entre 1229 y 1230. En 1946, el Papa Pío XII lo declaró Doctor de la Iglesia, anticipando así el honor que Gregorio IX le había rendido al entonar el cántico «O doctor optime» en su honor durante su canonización.