La denuncia contra Apolonio provino de uno de sus propios esclavos,. Según la ley de la época, el esclavo fue ejecutado rápidamente por ser un informante. Sin embargo, el prefecto pretoriano, Perennio, exigió a Apolonio que renunciara a su fe cristiana,,.
Apolonio se negó rotundamente a abjurar de su religión. Debido a su negativa, Perennio lo remitió al juicio del Senado romano. En presencia del Senado, Apolonio, posiblemente debido a su erudición y posición social, fue tratado con una consideración excepcional. Se le pidió que diera cuenta de su fe, y él, con gran elocuencia, presentó una defensa de la fe por la que estaba testificando,. Este diálogo entre el mártir y su juez es considerado por los estudiosos hagiográficos como un registro auténtico, posiblemente transcrito por un estenógrafo,.
La elocuente defensa de la fe
Durante su interrogatorio, Apolonio debatió con Perennio y expuso audazmente su fe. Sus palabras, según Eusebio, constituyeron una defensa elocuente de la fe. Apolonio afirmó que la muerte estaba destinada para todos y que los cristianos se ejercitaban en ella «muriendo diariamente». Desmintió las calumnias paganas contra el cristianismo, declarando que los cristianos no se permitían «ni una sola mirada impura, ni escuchaban una mala palabra».
Cuando Perennio le preguntó si estaba «empeñado en la muerte», Apolonio respondió: «No, disfruto de la vida; pero el amor a la vida no me asusta a morir. No hay nada mejor que la vida, la vida eterna, que da inmortalidad al alma que ha vivido bien aquí». Ante la confesión del prefecto de no entender, Apolonio lamentó su insensibilidad a las bellezas de la gracia, explicando que «solo el corazón que ve puede apreciar la Palabra de Dios como el ojo que ve la luz».
Un filósofo cínico interrumpió a Apolonio, calificando su lenguaje de insulto al entendimiento. A esto, Apolonio respondió que «solo a los insensatos la verdad les parece un insulto». Luego, explicó con claridad la esencia de la fe cristiana:
«La Palabra de Dios», dijo, «quien trajo a la existencia las almas y los cuerpos de los hombres, se hizo hombre en Judea, nuestro Salvador Jesucristo».
Lo describió como «perfectamente justo y lleno de sabiduría divina», quien «amorosamente nos enseñó cómo es el Dios de todo, y cuál es el fin de la virtud, que conviene a las almas de los hombres con miras al orden social y la dignidad».
Enseñó que Jesús «puso fin a los pecados en su mismo comienzo» a través de su sufrimiento.
Subrayó las enseñanzas de Cristo: «nos enseñó a detener la ira, a moderar el deseo, a castigar el amor al placer. Nos enseñó a aliviar el dolor, a ser generosos, a promover la caridad, a desechar la vanagloria, a abstenernos de tomar venganza, a despreciar la muerte —no cuando es infligida por la maldad, sino en la paciente resistencia a la maldad de otros».
Finalmente, destacó la obediencia a la ley divina, la honra al rey, la adoración al Dios inmortal y único, la creencia en la inmortalidad del alma, la expectativa del juicio después de la muerte y la recompensa de la virtud en la resurrección.
Apolonio concluyó que, incluso si la creencia en la inmortalidad del alma y el juicio futuro fuera una «ilusión», los cristianos la abrazarían gustosamente, ya que les había enseñado a vivir vidas buenas, esperando la esperanza del futuro incluso en la adversidad.
Condena y Ejecución
A pesar de su elocuente defensa, Apolonio persistió en su negativa a ofrecer sacrificios a los dioses paganos. Por ello, fue condenado a muerte,. La ley antigua establecía que aquellos que eran llevados ante el tribunal y se negaban a retractarse no debían ser liberados. San Apolonio fue decapitado por sentencia del Senado,,. Aunque existe una cuenta menos probable que sugiere que fue ejecutado aplastándole las piernas, la decapitación es el relato más aceptado.