Después de su experiencia en Vicovaro, Benito no volvió a la reclusión total. Discípulos comenzaron a reunirse a su alrededor, atraídos por su santidad y sus poderes milagrosos. En Subiaco, estableció doce pequeños monasterios, cada uno con un abad y doce monjes, bajo su supervisión general. Aquí, personas de todas las clases sociales, desde nobles como Plácido y Mauro hasta un rudo godo, fueron recibidas y entrenadas en la vida monástica. Benito rompió con el prejuicio contra el trabajo manual, considerándolo digno y conducente a la santidad, haciéndolo obligatorio para todos en su comunidad.
Alrededor del año 529, Benito dejó Subiaco y se estableció en Monte Cassino,. Esta decisión, aunque algunos la atribuyen a intrigas de un clérigo local, es vista por Gregorio Magno como una nueva fase de madurez interior y experiencia monástica, con un propósito público en la vida de la Iglesia y la sociedad. En Monte Cassino, Benito transformó un antiguo templo pagano dedicado a Apolo en un oratorio cristiano y predicó a la población local, que había recaído en el paganismo.
Fue en Monte Cassino donde Benito compuso su célebre Regla, un documento que, según San Gregorio, reflejaba fielmente su propia vida y disciplina. La Regla está dirigida a aquellos que, renunciando a su propia voluntad, toman «la fuerte y brillante armadura de la obediencia para luchar bajo el Señor Cristo, nuestro verdadero Rey». Prescribe una vida de oración litúrgica, estudio (lectio divina) y trabajo, vivida en comunidad bajo un padre común, el abad. La Regla de San Benito es notable por su moderación y su enfoque en la estabilidad y la obediencia. Benito la concibió como «una escuela del servicio del Señor»,, donde nada se ordenaría riguroso o gravoso, aunque con cierta severidad para la enmienda de los vicios y la preservación de la caridad. En ella, se enfatiza la importancia de la oración, afirmando que «nada se anteponga a la Obra de Dios» (es decir, el Oficio Divino o Liturgia de las Horas).