La parte más célebre de la obra de San Bernardo es la fundación de los famosos hospicios en los pasos alpinos,. Estos pasos, especialmente el del Gran San Bernardo (originalmente conocido como Mons Jovis), eran rutas extremadamente peligrosas, cubiertas por nieve profunda y propensas a avalanchas, pero eran frecuentemente utilizados por peregrinos franceses y alemanes en su camino a Roma,. Los viajeros se enfrentaban a la posibilidad de perderse, morir congelados, o ser víctimas de bandidos.
Para la conveniencia y protección de estos viajeros, San Bernardo fundó un monasterio y un hospicio en el punto más alto del paso del Gran San Bernardo, a 8,000 pies sobre el nivel del mar, en el año 962,. Pocos años después, estableció otro hospicio en el Pequeño San Bernardo, en los Alpes Grayos. Estos hospicios, que llevan su nombre, fueron puestos bajo el cuidado de monjes agustinos, quienes ofrecían hospitalidad generosa a todos los viajeros, sin distinción,.
Los monjes de San Bernardo, junto con sus famosos perros de rescate (los San Bernardos), salían en todas las estaciones, especialmente durante las tormentas de nieve, en busca de víctimas que hubieran sucumbido a las inclemencias del tiempo. Proporcionaban comida, ropa y refugio a los viajeros desafortunados y se encargaban de los fallecidos,. Estos hospicios se sostenían gracias a donaciones y colectas, y ofrecían alimento y albergue de forma gratuita por un tiempo limitado,. La comunidad de Canónigos Regulares de la Congregación del Gran San Bernardo continúa hoy esta labor, fieles a su lema: «Hic Christus adoratur at pascitur» («Aquí Cristo es adorado y alimentado»), un programa de caridad integral, material y espiritual, centrado en la Eucaristía y que fluye de la oración a la hospitalidad.
Aunque existían refugios anteriores en la región, la iniciativa de San Bernardo fue una nueva fundación que revitalizó la asistencia a los viajeros. La fama de su obra se extendió rápidamente, y muchas personalidades importantes visitaron los hospicios y contribuyeron a su dotación. Se dice que San Bernardo viajó a Roma para obtener la aprobación pontificia de sus hospicios y el privilegio de recibir novicios para perpetuar su congregación,.