Alrededor del año 199, el Papa Ceferino nombró a Calixto, ya en libertad, superintendente del cementerio público cristiano en la Via Appia, conocido hoy como las Catacumbas de San Calixto,. Este cementerio se convirtió en un sitio significativo para los entierros cristianos, y en una sección conocida como la cripta papal, fueron sepultados todos los Papas desde Ceferino hasta Eutiquiano, con la excepción de Cornelio y el propio Calixto,,. Se cree que Calixto extendió y unificó este cementerio, convirtiendo las parcelas privadas aisladas en posesión comunal, lo que podría haber sido la primera propiedad territorial de la Iglesia. Ceferino también ordenó a Calixto como diácono, y se convirtió en su amigo y consejero.
Tras la muerte de San Ceferino, Calixto fue elegido Papa por la mayoría del clero y el pueblo romano, asumiendo el pontificado entre agosto y diciembre de 217 d.C. y sirviendo hasta el 14 de octubre de 222 d.C.,,.
Controversias Doctrinales y Disciplinarias
El pontificado de San Calixto I estuvo marcado por importantes controversias, principalmente con el antipapa Hipólito y Tertuliano, quienes lo atacaron tanto por motivos doctrinales como disciplinarios,,.
La Misericordia y la Penitencia
Una de las principales disputas se centró en la política de Calixto respecto a la penitencia y la readmisión de pecadores en la Iglesia,. Calixto, basándose explícitamente en el poder de atar y desatar, admitió a la comunión a aquellos que habían realizado penitencia pública por pecados graves como el asesinato, el adulterio y la fornicación,. Esta postura más indulgente fue criticada por los rigoristas, como Hipólito, quien acusó a Calixto de herejía por su enfoque más leniente,. La visión de Calixto enfatizaba el papel de la Iglesia como una comunidad de perdón, contribuyendo a la formación temprana de las opiniones cristianas sobre la penitencia, la misericordia y la inclusión.
Matrimonio y Clero
Hipólito también se quejó de otras decisiones disciplinarias de Calixto:
Que la comisión de un pecado mortal no era razón suficiente para deponer a un obispo.
Que había admitido al clero a hombres casados dos o tres veces.
Que reconocía como legítimos los matrimonios entre mujeres libres y esclavos, en contra de la ley civil romana,. En este punto, Calixto insistía correctamente en la distinción entre la ley eclesiástica del matrimonio y la ley civil, una distinción que las edades posteriores siempre han enseñado.
Defensa de la Ortodoxia Trinitaria
En el ámbito doctrinal, Calixto defendió la fe trinitaria ortodoxa contra herejías como el Modalismo y el Sabelianismo,. Hipólito, cuya propia cristología era imperfecta, acusó a Calixto de ser el inventor de una forma modificada de Sabelianismo,. Sin embargo, es cierto que Calixto y Ceferino condenaron a varios monarquianos y al propio Sabelio, así como el error opuesto de Hipólito,. Esto sugiere que Calixto mantuvo la fe católica y que las acusaciones de Hipólito, en realidad, hablan a favor de la segura tradición de la Iglesia Romana y su perfecta ortodoxia y moderación.