Youssef Antoun Makhlouf nació el 8 de mayo de 1828 en el pueblo de Beqaa Kafra, Líbano, en el seno de una familia de campesinos1. Perdió a su padre a la temprana edad de tres años, y su madre se volvió a casar con un hombre piadoso que, según la costumbre oriental, llegó a ser sacerdote1. Desde joven, Youssef encontró alegría escuchando a su padrastro y hablando de sus dos tíos, quienes eran eremitas en el Valle de los Santos1. Estos eremitas fueron una gran inspiración para él, y deseaba seguir su ejemplo, aunque las responsabilidades familiares lo ataban1.
A los diez años, comenzó a trabajar como pastor, pero dedicaba todo su tiempo libre a la oración en una cueva, que hoy es un lugar de peregrinación conocido como «la cueva del Santo»1. En 1851, a la edad de 23 años, Youssef sintió una llamada insistente del Señor, que lo llevó a dejar su hogar sin despedirse y emprender un viaje hacia el monasterio de Nuestra Señora de Mayfouq1.

