Poco después de su conversión, Cipriano fue ordenado sacerdote, y en el año 248 d.C., fue designado para el obispado de Cartago. Inicialmente, se resistió y trató de huir, pero finalmente cedió y fue consagrado. Aunque su elección fue válida, algunos sacerdotes y parte del pueblo se opusieron, pero fue llevada a cabo «después del juicio divino, la elección del pueblo y el consentimiento del episcopado».
Cipriano administró su cargo con caridad, bondad y coraje, mezclados con vigor y firmeza. Pontius lo describe como una figura venerable y graciosa, cuya presencia inspiraba asombro y un equilibrio entre respeto y amor.
Persecución de Decio (249-251 d.C.)
La Iglesia disfrutó de un año de paz después de la promoción de Cipriano, hasta que el emperador Decio inició una feroz persecución,. Los años de quietud y prosperidad habían debilitado la vigilancia y el espíritu de muchos cristianos, y cuando el edicto llegó a Cartago, hubo una estampida hacia el capitolio para registrar las apostasías. En medio de los gritos paganos de «¡Cipriano a los leones!», el obispo fue proscrito y sus bienes confiscados.
Cipriano se retiró a un lugar oculto durante catorce meses para poder guiar a su rebaño, una decisión que le valió críticas tanto de Roma como de África,. Sin embargo, justificó su acción en varias cartas al clero, argumentando que era lo correcto dadas las circunstancias. Durante su ausencia, mantuvo contacto con su rebaño a través de frecuentes cartas, exhortándolos a la oración continua y animando a los confesores en prisión,.
El Problema de los Lapsi y el Cisma de Novato
La persecución de Decio dejó un grave problema: el de los lapsi, aquellos cristianos que habían apostatado, ya sea sacrificando a los ídolos (sacrificati) o comprando certificados que atestiguaban haber ofrecido sacrificio sin hacerlo realmente (libellatici).
Durante la ausencia de Cipriano, uno de los sacerdotes que se había opuesto a su elección episcopal, llamado Novato, cayó en cisma. Novato, junto con algunos lapsi y confesores descontentos con la disciplina de Cipriano, recibió a todos los apóstatas de vuelta a la comunión sin ninguna penitencia canónica. Cipriano denunció a Novato y, tras el cese de la persecución, convocó un concilio en Cartago en el 251 d.C.,.
En este concilio, Cipriano leyó su tratado Sobre la Unidad de la Iglesia,,. En él, afirmó que «hay un solo Dios y un solo Cristo y una sola cátedra episcopal, fundada originalmente en Pedro, por la autoridad del Señor. Por lo tanto, no se puede establecer otro altar u otro sacerdocio. Todo lo que cualquier hombre en su furia o imprudencia establezca, desafiando la institución divina, debe ser una ordenanza espuria, profana y sacrílega». Sostenía que, así como Pedro es el fundamento terrenal de toda la Iglesia, el obispo legítimo es el fundamento de cada diócesis.
El concilio excomulgó a los líderes cismáticos. Novato viajó a Roma para fomentar problemas allí, donde Novaciano se había erigido como antipapa. Cipriano reconoció a Cornelio como el verdadero Papa y lo apoyó activamente tanto en Italia como en África, trabajando junto a San Dionisio, obispo de Alejandría, para asegurar que los obispos de Oriente también se adhirieran a Cornelio, dejando claro que adherirse a un falso obispo de Roma significaba estar fuera de la comunión con la Iglesia.
En cuanto a la disciplina de los lapsi, Cipriano buscó un camino intermedio entre la excesiva leniencia de Novato y la severidad de Novaciano, quien sostenía que la Iglesia no podía absolver a un apóstata en absoluto,. En el concilio del 251 d.C., se decidió que los libellatici podrían ser restaurados después de períodos de penitencia de duración variable, mientras que los sacrificati solo podrían recibir la comunión en el momento de la muerte. Sin embargo, en el año 252 d.C., durante la persecución de Galo y Volusiano, otro concilio africano decretó que «todos los penitentes que se declararan dispuestos a entrar de nuevo en la lucha, a soportar allí el máximo calor de la batalla y a luchar valientemente por el nombre del Señor y por su propia salvación, recibirían la paz de la Iglesia». Cipriano argumentó que esto era necesario para «reunir a los soldados de Cristo dentro de Su campamento» y fortalecerlos con el Cuerpo y la Sangre de Cristo, ya que ¿cómo podrían morir por Cristo si se les negaba Su Sangre?.
La Plaga de Cartago (252-254 d.C.)
Entre los años 252 y 254 d.C., Cartago fue azotada por una terrible plaga,. En este tiempo de terror y desolación, San Cipriano organizó a los cristianos de la ciudad y les habló enérgicamente sobre el deber de la misericordia y la caridad, enseñándoles que debían extender su cuidado no solo a los suyos, sino también a sus enemigos y perseguidores,. Los fieles se ofrecieron de buen grado a seguir sus directrices: los ricos contribuyeron con limosnas en dinero, y los pobres ofrecieron su trabajo personal y asistencia,. Cipriano mostró una gran preocupación por los pobres y necesitados, incluso durante su ausencia, y solía decir: «No dejes que duerma en tus arcas lo que puede ser provechoso para los pobres. Aquello de lo que un hombre debe desprenderse tarde o temprano, es bueno que lo distribuya voluntariamente para que Dios le recompense en la eternidad». En esta ocasión, escribió su hermoso tratado Sobre la Mortalidad, donde consolaba y fortalecía a su rebaño,.