Numerosos milagros fueron atribuidos a San Diego durante su vida, y muchos más a través de su intercesión después de su muerte. El rey Felipe II, en agradecimiento por un milagro en favor de su hijo, solicitó la canonización del santo. San Diego de Alcalá fue canonizado por el Papa Sixto V en 1588,. Su fiesta se celebra en la orden franciscana el 12 de noviembre.
La canonización de San Diego en 1588 fue motivo de gran alegría en España. Aunque no existe una biografía medieval de San Diego, las crónicas franciscanas posteriores, como la de Fray Marcos de Lisboa (fallecido en 1591), proporcionan abundante información sobre su vida. Entre las biografías individuales se pueden mencionar Vida del S. Fray Diego (1602) de Moreno de la Rea, y algunos esbozos más modernos.
Conexión con la Universidad de Alcalá
Es interesante notar que el convento franciscano de San Diego en Alcalá de Henares es mencionado en relación con los orígenes de la Universidad de Alcalá. En el siglo XV, antes de la fundación formal del Colegio de San Ildefonso por el Cardenal Cisneros, la gramática se enseñaba de manera irregular en el convento franciscano de San Diego. Esto subraya la presencia y la influencia de la orden franciscana en la vida intelectual y religiosa de Alcalá, una ciudad que también acogió a San Diego en sus últimos años.