La tradición hagiográfica presenta el conflicto con un tono más narrativo y dramático, y lo conecta con episodios morales y judiciales que intensificaron el choque entre el obispo y el monarca.
En esa línea, el relato cuenta que la oposición moral del santo al comportamiento del rey provocó la ira regia. La tradición afirma también que el rey recurrió a la calumnia, y sitúa un proceso en torno a una reclamación de tierras vinculadas a la Iglesia: un hombre fallecido «aparece» ante el tribunal y refuta la acusación, en un relato diseñado para mostrar la coherencia de la justicia defendida por el obispo.
La narración culmina con la decisión final del obispo: cuando la corrección pastoral fracasa, San Estanislao pronuncia la excomunión. El rey intenta ignorarla, pero la tradición cuenta que los servicios litúrgicos se suspenden conforme a la instrucción eclesial; la reacción conduce a la persecución directa del santo hasta la capilla de San Miguel en las afueras de la ciudad.,