Tras la muerte de San Amador, Germán fue elegido unánimemente para ocupar la sede episcopal de Auxerre, siendo consagrado el 7 de julio del 418,. Este cambio repentino de estado le imbuyó de un profundo sentido de las obligaciones de su nueva dignidad. Abandonó su vida mundana y abrazó un estilo de vida de pobreza y austeridad, distribuyendo sus bienes entre los pobres y practicando rigurosas mortificaciones,,. Se dedicó a la oración, el estudio y las obras de caridad, extendiendo su hospitalidad a todo tipo de personas, lavando los pies de los pobres y sirviéndoles con sus propias manos, mientras él mismo ayunaba,.
Como obispo, Germán demostró una gran sagacidad en la administración de su diócesis, utilizando su excelente educación en beneficio de la Iglesia. Edificó un gran monasterio dedicado a los Santos Cosme y Damián a orillas del río Yonne, al que se retiraba en sus momentos libres,. También dotó la catedral y otras iglesias de Auxerre, que encontró en un estado de pobreza.
Defensa contra el Pelagianismo en Britania
Uno de los aspectos más destacados de su ministerio fue su papel en la lucha contra la herejía pelagiana en Britania,. El pelagianismo, propagado por Agrícola, un discípulo del británico Pelagio, negaba la doctrina del pecado original y la necesidad de la gracia para la salvación. En el año 429, los obispos de Britania solicitaron ayuda al continente para combatir esta corrupción de la fe,. El Papa Celestino I y los obispos de la Galia comisionaron a Germán y a San Lupo de Troyes para viajar a Britania,,.
Los obispos llegaron a Britania tras una travesía difícil, y su fama de santidad, doctrina y milagros se extendió rápidamente. Confirmaron a los ortodoxos y convirtieron a los herejes, predicando dondequiera que la gente les escuchara. Se celebró una disputa pública, probablemente en St. Albans, donde los pelagianos expusieron sus argumentos primero. Germán y Lupo respondieron con gran elocuencia, apoyando sus argumentos con citas bíblicas y patrísticas, lo que llevó a la completa derrota de los herejes,.
Durante su estancia, Germán también se dice que ayudó a los britanos a obtener una gran victoria, conocida como la «Victoria del Aleluya», sobre un grupo de asaltantes sajones y pictos, gracias a un grito de batalla de «¡Aleluya!»,. Permaneció en Britania un tiempo, predicando y estableciendo varias escuelas para la formación del clero,.
Alrededor del año 440, Germán fue llamado nuevamente a Britania para asistir a la Iglesia contra el resurgimiento del pelagianismo, esta vez acompañado por Severo, obispo de Tréveris. Mediante su enseñanza y milagros, el pelagianismo fue finalmente erradicado y sus maestros desterrados. Germán entendió que la ignorancia no podía ser desterrada ni la reforma mantenida sin escuelas para la instrucción del clero, y se le atribuye la fundación de tales instituciones, lo que aseguró que «estas iglesias continuaron después puras en la fe, y libres de herejía», como observa Beda.
Intercesión y obras de caridad
El celo pastoral de Germán no se limitó a cuestiones doctrinales. Al regresar de Britania, visitó al prefecto en Arlés y obtuvo la remisión de ciertos impuestos que oprimían a la gente de Auxerre,. En otra ocasión, intercedió por los armoricanos (Bretaña) que se habían rebelado, logrando que su castigo fuera aplazado hasta que pudiera presentar su caso ante el emperador. Para ello, viajó a Italia, llegando a Milán el 17 de junio del 448, y luego a Rávena, donde se entrevistó con la emperatriz madre, Gala Placidia. La emperatriz y el obispo de la ciudad, San Pedro Crisólogo, le dieron una bienvenida real, y la gracia que buscaba fue concedida.
También construyó una iglesia en honor a San Albano en su ciudad episcopal,.