Isidoro nació en Cartagena, Hispania, alrededor del año 560, en una familia de origen romano con conexiones cercanas a la realeza visigoda1,2. Fue el menor de cuatro hermanos, todos ellos figuras destacadas en la Iglesia: sus hermanos mayores, Leandro y Fulgencio, llegaron a ser obispos y santos, y su hermana, Florentina, fue abadesa de numerosos conventos y también es venerada como santa1,2,3.
Su educación estuvo a cargo de su hermano mayor, San Leandro, entonces arzobispo de Sevilla1,4. Leandro, descrito como un maestro severo y estudioso, inculcó en Isidoro una férrea disciplina de estudio1,4. La casa episcopal de Sevilla, donde se formó, albergaba una rica biblioteca con obras clásicas paganas y cristianas, lo que permitió a Isidoro desarrollar un conocimiento enciclopédico4. A pesar de las dificultades iniciales para memorizar, una anécdota cuenta que Isidoro, tras observar cómo el goteo constante de agua desgastaba una roca, regresó a sus estudios con renovada determinación1. Su dedicación le permitió dominar el latín, el griego y el hebreo en un tiempo notablemente corto2. Aunque no hay certeza de que fuera monje, sentía un gran aprecio por las órdenes religiosas y, más tarde, redactó un código de reglas para ellas, insistiendo en la igualdad entre hombres libres y siervos en los monasterios1,2.

