Isidoro nació en Cartagena, Hispania, hijo de Severiano y Teodora. Provenía de una familia ilustre: su hermano mayor, Leandro, fue arzobispo de Sevilla, y su hermano menor, Fulgencio, también llegó a ser obispo; su hermana Florentina se convirtió en abadesa1.
Desde pequeño recibió una educación esmerada en la escuela catedralicia de Sevilla, donde se le enseñó el trivium y el quadrivium bajo la guía de su hermano Leandro1. Su diligencia le permitió dominar rápidamente el latín, el griego y el hebreo1.

