Llegada a Québec
Brébeuf arribó a la colonia francesa de Québec el 19 de junio 1625, a bordo de la nave Duppe, acompañando a otros religiosos y a comerciantes franceses. Allí enfrentó la hostilidad de algunos colonos que desconfiaban de los jesuitas.
Primeros años entre los algonquinos
Durante los primeros meses vivió en chozas indígenas, aprendiendo el idioma algonquino y soportando condiciones de «aplastante incomodidad, suciedad y ocasional hambre”. Este periodo le permitió adquirir habilidades lingüísticas que serían esenciales para su obra evangelizadora.
Evangelización de los hurones
En la primavera de 1626 se embarcó con una flota de canoas hacia el territorio hurón, llegando a la zona de Ihonatiria, cerca de la actual Georgian Bay. Allí estableció la primera misión hurona, permaneciendo solo después de que sus compañeros fueron recolocados. A lo largo de los siguientes dieciséis años fundó varias misiones, entre ellas St. Mary’s (también conocida como St. Ignace), y logró bautizar a miles de indígenas, llegando a 7 000 hurones bautizados para 1649 según testimonios contemporáneos.
Contribuciones lingüísticas y pedagógicas
Brébeuf compiló un diccionario y una gramática de la lengua hurona, y redactó un catecismo que serviría de base para futuros misioneros,. Su «instrucción para los que vendrían a la misión hurona» quedó como documento de referencia para la labor jesuita en América del Norte.