Congregación de Jesús y María (eudistas)
El deseo de formar un clero preparado llevó a Juan Eudes a crear una obra estructural. Tras advertir que, sin formación estable, los frutos de las misiones quedaban truncados, fundó en Caen la Congregación de Jesús y María, también conocida como eudistas, el 25 de marzo de 1643.,,
La tradición eudista presenta esa iniciativa como un proyecto para formar un clero diocesano celoso y virtuoso mediante seminarios y misiones. Juan Eudes decidió organizar la obra como sociedad eclesiástica para colaborar con los obispos, no como orden religiosa estricta: esta forma buscaba la obediencia inmediata a la autoridad episcopal y la perfección sacerdotal dentro de la dignidad del ministerio.,
El carisma de la Congregación se orientó a la educación del clero y a la predicación misionera. El instituto acogía sacerdotes y postulantes mediante un período de prueba, y Juan Eudes estableció prácticas comunitarias vinculadas al espíritu de Cristo.
Seminarios e implantación
Durante su vida, Juan Eudes impulsó seminarios en numerosas ciudades, con carácter amplio y con especial dedicación a la formación integral: Caen (1643), Coutances (1650), Lisieux (1653), Rouen (1658), Evreux (1667) y Rennes (1670).,,
La motivación pastoral aparece con claridad en la enseñanza posterior de la Iglesia: san Juan Eudes entendió el problema de la crisis eclesial vinculándolo a la insuficiencia de la formación sacerdotal, y promovió una respuesta institucional centrada en la preparación del clero en seminarios.
Congregación de Nuestra Señora de la Caridad del Refugio
Juan Eudes no limitó su caridad a la formación clerical. Su experiencia misionera lo enfrentó a una realidad humana compleja: la necesidad de acompañar a mujeres que buscaban abandonar una vida desordenada. En 1641 alquiló una casa como refugio para mujeres penitentes, hasta que el trabajo tomó forma estable en una congregación.,,
La obra asumió un desarrollo eclesial con aprobación y reconocimiento gradual. En 1666, un decreto pontificio aprobó la institución vinculada a ese refugio, con el fin de acoger a mujeres que pedían ayuda para la penitencia y sostener su reinserción mediante trabajo honesto.,