El 22 de junio de 1535, las guardias despertaron a Fisher con la noticia de la ejecución fijada para ese mismo día.,
La tradición piadosa detalla sus últimas horas: Fisher descansó tras escuchar la sentencia, se preparó para el camino hacia el lugar de ejecución y llevó consigo un pequeño Nuevo Testamento. Abrió el libro para hallar palabras de consuelo antes de subir al cadalso.
Fisher subió al patíbulo con fortaleza espiritual y perdonó a quien ejecutaría su muerte. Luego declaró con voz clara que moría por la fe de la Iglesia católica y pidió que el pueblo rezara para que él perseverara hasta el final.,
Después recitó el Te Deum y el salmo En ti, Señor, esperé (In te Domine speravi). El verdugo le privó de la vida con un solo golpe de hacha.
La violencia no terminó con el martirio. La tradición narra que el cuerpo de Fisher permaneció expuesto y acabó enterrado sin honores, mientras su cabeza siguió tratándose como instrumento de escarmiento público.,