San Kilian nació aproximadamente en el año 640, probablemente en Irlanda, aunque algunas fuentes sugieren Escocia, refiriéndose a la «Scotica tellus» que en la época medieval podía designar a Irlanda1. Desde su juventud, mostró una notable piedad y dedicación al estudio1. Se cree que adoptó la vida monástica y, según escritores posteriores como Tritemio, fue monje en el célebre monasterio de Hy, e incluso se ha sostenido que fue abad de este monasterio, aunque esta última afirmación no puede probarse con certeza1.
Antes de dejar su tierra natal, Kilian fue elevado al episcopado, una práctica común en la Iglesia irlandesa de su tiempo, donde los obispos no estaban asignados a una diócesis particular, sino que actuaban como obispos distritales o itinerantes1.

