La llegada del conflicto marcó su vida con pruebas cada vez más graves. En la etapa final de su ministerio, la persecución alcanzó también a la comunidad que había impulsado: una fe viva, activa y organizada provocó incomodidad en el sistema opresor.
La biografía recuerda que, ante la violencia, Kolbe actuó con firmeza y caridad: acogió a profugos, heridos, débiles, hambrientos y desalentados, además de cristianos y judíos, ofreciéndoles consuelo espiritual y ayuda material.
El 19 de septiembre de 1939 fue arrestado por la Gestapo, deportado inicialmente a Alemania y después encarcelado en distintos lugares. Tras el regreso a Niepokalanów, la persecución se reanudó en 1941 con un nuevo arresto, encarcelamiento y deportación hasta Auschwitz.,