Lo más llamativo en la tradición hagiográfica moderna es el grado de responsabilidad que se atribuye a Pedro Tomás en empresas de alcance militar. Los relatos lo presentan como un instrumento decisivo de la acción papal, con títulos y cometidos que desbordan la imagen habitual de los legados puramente diplomáticos.
En 1359, la biografía lo sitúa en Constantinopla con un contingente importante y ayudas económicas, mientras ostentaba el título de «legado universal para la Iglesia oriental». La narración añade un rasgo de autoridad efectiva: el liderazgo de la empresa no quedaba reducido al marco representativo, sino que Pedro Tomás asumía una dirección prácticamente directa.
En 1365, el relato vuelve a unir a Pedro Tomás con una misión de carácter expedicionario: una fuerza se dispuso para un ataque contra Alejandría, descrita como una iniciativa contra «infieles». El biografiado vuelve a aparecer como el legado con dirección virtual de la empresa.
La expedición terminó con desastre. En el asalto, Pedro Tomás recibió heridas repetidas por flechas. La biografía afirma que estas heridas provocaron o, al menos, aceleraron el final de su vida y concluyen el episodio con su muerte recibida como muerte santa, es decir, interpretada con tono martirial.