Las labores apostólicas de San Ruperto se extendieron desde el territorio del Danubio hasta las fronteras de la Baja Panonia. Los misioneros avanzaron a lo largo del Danubio, y en Lorch, San Ruperto convirtió a muchos y realizó varios milagros de curación. Templos paganos en Ratisbona y Altötting fueron adaptados para el culto cristiano, y se construyeron otras iglesias, lo que llevó al restablecimiento de la fe cristiana en casi toda la población.
Fundación de Salzburgo
Aunque Ratisbona y Lorch fueron importantes, Ruperto estableció su sede principal en la antigua ciudad en ruinas de Juvavum. El duque Teodón le concedió este territorio, de dos millas cuadradas, para la construcción de un monasterio y una sede episcopal. Ruperto verificó personalmente la condición de Juvavum, encontrando edificios romanos en ruinas cubiertos de maleza.
En este lugar, que más tarde se conocería como Salzburgo (la «ciudad de la sal») debido a las minas de sal que Ruperto promovió, erigió la primera iglesia en honor a San Pedro, Príncipe de los Apóstoles, y un monasterio,,. También estableció un convento de monjas benedictinas en las alturas de Nonnberg, poniéndolo bajo la protección y Regla de San Benito,. Su sobrina, Ehrentraud (Erentrudis), fue nombrada abadesa de este convento,.
Para consolidar sus fundaciones, Ruperto regresó a su tierra natal para reclutar más ayudantes,. Volvió con doce compañeros, quienes formaron la primera congregación del famoso Monasterio Benedictino de San Pedro en Salzburgo, que aún existe en la actualidad. Entre sus compañeros, Vitalis, Chuniald y Gislar fueron posteriormente venerados como santos,.
Legado y Contribuciones
San Ruperto se dedicó por completo a la obra de salvación y conversión, fundando numerosas iglesias y monasterios, como Maxglan, Maximilianszelle (ahora Bischofshofen en Pongau) y Altötting, entre otros. No solo evangelizó, sino que también trabajó para civilizar a sus conversos y promovió el desarrollo de las minas de sal, lo que dio a Juvavum su nombre moderno de Salzburgo.
Fue el primer abad-obispo de Salzburgo, combinando ambas dignidades al estilo de los monjes irlandeses. Esta doble función continuó en Salzburgo durante casi 300 años hasta que fue separada en 987. Su discípulo y sucesor, el abad-obispo San Virgilio, cuya labor se sitúa entre 745 y 784, es una prueba de la actividad de Ruperto a finales del siglo VII y principios del VIII.