San Toribio llegó a Payta, Perú, el 24 de mayo de 1581, a 600 millas de Lima. Desde el momento de su llegada, se dio cuenta de la naturaleza ardua de la tarea que se le había encomendado. Su diócesis se extendía por unas 400 millas a lo largo de la costa y tierra adentro, entre las estribaciones de los Andes, un terreno sumamente difícil de recorrer.
Más allá de las dificultades físicas, las condiciones en Perú presentaban desafíos aún más graves debido a la actitud de los conquistadores españoles hacia la población nativa,. Con pocas excepciones, los funcionarios y colonos habían llegado con el objetivo de enriquecerse, explotando a los indígenas mediante la extorsión y la tiranía,. La comunicación lenta con la autoridad central en España significaba que los abusos más flagrantes podían persistir durante años sin posibilidad de reparación. La religión parecía haberse perdido en gran medida, y el ejemplo dado a los nativos era de rapacidad y autoindulgencia casi universales. Incluso el clero a menudo se encontraba entre los infractores más notorios,.
En este contexto, San Toribio se distinguió por su abnegada dedicación a la edificación y consolidación de las comunidades eclesiales de su época,. Es significativo que este santo obispo sea representado en retratos como un «nuevo Moisés». Un cuadro en la Pinacoteca Vaticana lo muestra cruzando un gran río cuyas aguas se abren a su paso, como si fuera el Mar Rojo, para que pueda llegar a la otra orilla donde lo espera un numeroso grupo de indígenas. Detrás de él, una gran multitud de personas, el pueblo fiel, sigue a su pastor en la obra de evangelización. Esta imagen simboliza su capacidad para llegar a la «otra orilla», adentrándose en un universo nuevo, desconocido y lleno de desafíos, guiado por la fe.
Reformas Eclesiásticas y Evangelización
La primera preocupación de Toribio fue restaurar la disciplina eclesiástica,. Inició de inmediato una visita a su diócesis, siendo inflexible con los escándalos entre el clero,. Sin importar la posición de las personas, reprendió la injusticia y el vicio, utilizando siempre su autoridad para proteger a los pobres de la opresión. Naturalmente, sufrió persecución por parte de los poderosos, quienes a menudo lo obstaculizaban en el cumplimiento de sus deberes, pero con resolución y paciencia superó su oposición. A quienes intentaban torcer la ley de Dios para que se ajustara a sus malas prácticas, él oponía las palabras de Tertuliano: «Cristo dijo: 'Yo soy la verdad'. No dijo: 'Yo soy la costumbre'».
El arzobispo logró erradicar algunos de los peores abusos. Fundó numerosas iglesias, casas religiosas y hospitales. En 1591, estableció en Lima el primer seminario eclesiástico del Nuevo Mundo, una institución que aún funciona hoy y se espera que siga dando frutos abundantes para la promoción de vocaciones sacerdotales y a la vida consagrada,,.
El profundo espíritu misionero de San Toribio se manifestó en detalles significativos, como su esfuerzo por aprender varias lenguas para poder predicar personalmente a todos aquellos confiados a su solicitud pastoral,. De esta manera, logró muchas conversiones. Para enseñar a su rebaño, a veces permanecía dos o tres días en un lugar donde no tenía cama ni comida suficiente. Visitó cada parte de su vasta diócesis, y cuando el peligro amenazaba por merodeadores u obstáculos físicos, decía que «Cristo vino del Cielo para salvar al hombre y que no debemos temer el peligro por Su gloria».
Recorrió tres veces los dieciocho mil kilómetros de su diócesis, generalmente a pie, indefenso y a menudo solo. Se expuso a tempestades, torrentes, desiertos, bestias salvajes, calor tropical, fiebres y tribus salvajes. Bautizó y confirmó a casi medio millón de almas, entre ellas a Santa Rosa de Lima, San Francisco Solano, el Beato Martín de Porres y el Beato Juan Macías,. Su tema favorito era: «El tiempo no es nuestro, y debemos dar cuenta estricta de él».
Convocó trece sínodos diocesanos y tres concilios provinciales para abordar los abusos y los escándalos en el clero,. Su labor llevó a la primera verdadera organización de la Iglesia peruana.