El episodio más célebre se desarrolla en el último encuentro entre ambos. Tras pasar el día con la rutina habitual, comieron juntos al anochecer. Escolástica, posiblemente intuyendo que aquel sería su último diálogo en la tierra, pidió a Benito que retrasara la vuelta hasta el día siguiente para conversar sobre «los gozos del cielo». Benito, por respeto a su regla, rechazó la petición y defendió que no podía pasar la noche fuera del monasterio.,
Entonces Escolástica adoptó una actitud que el relato describe con detalle: unió las manos, las apoyó sobre la mesa, inclinó la cabeza y oró a Dios con insistencia. La oración no aparece como simple emoción, sino como petición teologal: ella pidió a Dios lo que su hermano no podía conceder según la disciplina que ya había asumido.,
El relato culmina con un hecho extraordinario: cuando Escolástica terminó su súplica, se levantó una tempestad violenta de truenos, relámpagos y lluvia abundante. La situación impidió a Benito y a los que lo acompañaban salir fuera y, por ese motivo, el tiempo que él no podía prolongar por obediencia a la regla se convirtió en tiempo de conversación espiritual.,
Cuando Benito exclamó «Dios perdone lo que has hecho», Escolástica respondió con una lógica espiritual clara: pidió un favor y él lo rehusó; ella pidió el mismo favor a Dios y Dios lo concedió.,
Este episodio, entendido en clave católica, no invita a romper la ley, sino a mostrar que el amor a Dios puede actuar con confianza sobrenatural incluso dentro del marco de la obediencia humana.