La defensa de la jurisdicción eclesiástica
El conflicto entre el arzobispo y el rey se agravó cuando Enrique II intentó ampliar la autoridad de los tribunales reales y reducir el ámbito de los tribunales eclesiásticos. La Corona pretendía corregir abusos y reforzar la uniformidad de la justicia, pero sus proyectos afectaban a derechos que la Iglesia consideraba propios.
La tensión alcanzó una expresión decisiva en las Constituciones de Clarendon. Becket rechazó las disposiciones que juzgaba incompatibles con la libertad de la Iglesia. La controversia no enfrentó simplemente a un monarca autoritario con un obispo obstinado: también implicó problemas jurídicos reales y diferentes concepciones medievales sobre la autoridad, la jurisdicción y el orden cristiano.,
Al aceptar el arzobispado, Tomás renunció a la cancillería contra la voluntad del rey. Enrique interpretó la decisión como una deslealtad personal, mientras Becket entendía que el arzobispo no podía conservar un cargo político que comprometiera su independencia pastoral.,
El exilio
La oposición entre ambos provocó el exilio de Becket. El arzobispo buscó el apoyo del papa Alejandro III, quien confirmó su dignidad y le recomendó retirarse a la abadía cisterciense de Pontigny. Allí vivió como penitente y estudiante, sometido a la disciplina de la comunidad y sin aceptar privilegios especiales por su rango.
Durante su exilio escribió numerosas cartas a partidarios y adversarios. Algunas adoptaron un tono severo y dificultaron la reconciliación. Enrique II confiscó los bienes de los amigos, familiares y servidores de Becket, y expulsó a numerosos allegados, que acudieron al arzobispo para mostrarle el sufrimiento causado por la persecución.
La presión del rey sobre los monasterios cistercienses obligó finalmente a Tomás a abandonar Pontigny. Después encontró refugio en la abadía de Santa Columba, cerca de Sens, bajo la protección de Luis VII de Francia. Las negociaciones entre el papa, el rey y el arzobispo se prolongaron durante casi seis años.
Alejandro III nombró a Becket legado pontificio para casi toda Inglaterra. El arzobispo llegó a excomulgar a algunos adversarios, aunque el papa anuló después ciertas sentencias. Las reuniones celebradas en Montmirail en 1169 y en Montmartre ese mismo año no resolvieron la disputa.