La preocupación de la Iglesia por la formación de sus ministros se remonta a sus primeros años. Ya desde el siglo VI, concilios como el de Toledo (529 y 633) exhortaban a los sacerdotes a instruir a jóvenes clérigos en sus casas o bajo la supervisión del obispo,. Escuelas catedralicias, como la establecida cerca de la Basílica de Letrán, y monasterios, como San Víctor en París, desempeñaron un papel crucial en la educación del clero,.
Sin embargo, con el auge de las universidades medievales, las escuelas catedralicias y monásticas declinaron. Aunque las universidades ofrecían grandes ventajas intelectuales, la formación espiritual de muchos clérigos se descuidó. La vida de los estudiantes eclesiásticos en las universidades no siempre era la ideal, y lo que faltaba era una formación del carácter y una preparación práctica para el ministerio.
La verdadera institución del seminario en su sentido moderno surgió como respuesta a la necesidad de un clero bien formado después de la Reforma Protestante. El Concilio de Trento, en su vigésimo tercera sesión (1563), decretó el establecimiento de un seminarium perpetuum en todas las diócesis,. Este decreto se convirtió en la ley fundamental de la Iglesia para la educación de los sacerdotes. San Ignacio de Loyola, con la fundación del Collegium Germanicum en Roma (1553), también fue pionero en este tipo de formación. El cardenal Pole, en 1556, parece haber usado por primera vez la palabra «seminario» para designar una escuela dedicada exclusivamente a la formación del clero.
A lo largo de los siglos, la Santa Sede ha mantenido una preocupación constante por los seminarios. Diversos dicasterios de la Curia Romana han tenido la responsabilidad de supervisar su establecimiento, gobierno y administración. En 2013, el Papa Benedicto XVI, mediante la carta apostólica Ministrorum Institutio, transfirió la responsabilidad de los seminarios de la Congregación para la Educación Católica a la Congregación para el Clero (ahora Dicasterio para el Clero), unificando así la formación inicial y continua de los sacerdotes,.