La denominación oficial latina de la institución es Sovrano Militare Ordine Ospedaliero di San Giovanni di Gerusalemme, di Rodi e di Malta. El nombre resume sus principales etapas históricas: Jerusalén, Rodas y Malta. La expresión «Soberana Orden Militar de Malta» constituye la forma usual en español.
La Orden posee una naturaleza jurídica compleja. No es un Estado territorial ordinario, porque carece de un territorio soberano comparable al de los Estados contemporáneos. Tampoco es únicamente una asociación privada de carácter benéfico. La Santa Sede y la propia tradición jurídica internacional reconocen en ella dos dimensiones estrechamente vinculadas:
- Orden religiosa católica, aprobada por la Santa Sede.
- Sujeto de derecho internacional, titular de determinadas prerrogativas soberanas.
La sentencia del Tribunal Cardenalicio de 24 de enero de 1953 precisó que la soberanía de la Orden no comprende el conjunto de poderes propio de una entidad estatal plenamente soberana. Sus prerrogativas pertenecen al ámbito internacional y sirven a los fines propios de la institución.3
Soberanía funcional y ausencia de soberanía territorial
La soberanía de la Orden tiene carácter funcional. Esta expresión significa que sus facultades soberanas no pretenden fundar un poder territorial general, sino permitirle cumplir su misión religiosa, humanitaria y asistencial en el ámbito internacional.
La Santa Sede describió esta soberanía como un instrumento dirigido a garantizar el cumplimiento de los fines de la Orden y su desarrollo en el mundo. Por tanto, la Orden puede ejercer determinadas competencias internacionales sin constituir un Estado territorial en sentido pleno.2,4
La Orden mantiene relaciones diplomáticas con numerosos Estados y participa en actividades internacionales vinculadas con la asistencia humanitaria y sanitaria. Tales relaciones no transforman sus sedes romanas ni sus representaciones diplomáticas en un territorio estatal general. La soberanía maltesa conserva, por ello, un carácter institucional y finalista.



