La creación de la Universidad de Alcalá tuvo precedentes medievales, aunque los primeros intentos no permiten reconstruir una continuidad institucional segura. En 1293, Sancho IV de Castilla concedió al arzobispo de Toledo, Gonzalo Gudiel, facultades para establecer en Alcalá un estudio general, es decir, un centro de estudios superiores. No consta con certeza qué resultados alcanzó aquel proyecto. En 1459, el papa Pío II autorizó al arzobispo Alonso Carrillo a instituir cátedras de gramática y artes liberales; la enseñanza de estas materias tuvo un carácter irregular y funcionó en el convento franciscano de San Diego.1
La fundación decisiva corresponde a Francisco Jiménez de Cisneros, arzobispo de Toledo y una de las figuras políticas y eclesiásticas más destacadas de su época. Cisneros presentó su proyecto al papa Alejandro VI, que lo aprobó el 13 de abril de 1499. La institución se articuló en torno al Colegio Mayor de San Ildefonso, por lo que las primeras descripciones alternan los términos colegio y universidad: el colegio constituía el núcleo fundador y residencial del conjunto académico.1
«El honor de fundar la Universidad, o, más propiamente, el Colegio de San Ildefonso, corresponde a Francisco Jiménez de Cisneros».1
La distinción importa porque Alcalá no nació simplemente como una suma de cátedras, sino como un proyecto institucional organizado alrededor de un colegio mayor, sus estudiantes y sus estatutos. La aprobación pontificia concedió a San Ildefonso privilegios equiparables a los de colegios prestigiosos de Salamanca y Bolonia, y extendió a profesores y alumnos privilegios académicos reconocidos en otras universidades. En 1501, los beneficiados por esas concesiones recibieron derechos vinculados a los grados universitarios; en 1505 se agregaron beneficios eclesiásticos al colegio y, en 1512, Cisneros promulgó sus estatutos.1



