La primera noticia segura de un proyecto universitario portugués data de 1288. Abades, priores de conventos y párrocos comunicaron al papa Nicolás IV que el rey Dionisio de Portugal había promovido la creación de un Studium Generale en Lisboa. Los responsables eclesiásticos ofrecieron sostener los salarios de maestros y doctores con rentas de sus monasterios e iglesias, y solicitaron la confirmación pontificia de su acuerdo. El proyecto vinculaba desde su inicio la formación superior con la cooperación entre la Corona y la Iglesia.1
El 9 de agosto de 1290, Nicolás IV respondió favorablemente mediante una bula dirigida a la «Universidad de maestros y estudiantes de Lisboa». La disposición reconocía la nueva institución y regulaba aspectos de su funcionamiento, como el alquiler de alojamientos y ciertas dispensas de residencia. También autorizaba al obispo de Lisboa -o, en caso de sede vacante, al vicario capitular- a conceder el ius ubique docendi, esto es, la facultad de enseñar en cualquier lugar, en las disciplinas universitarias salvo la teología.1
Las tensiones entre estudiantes y habitantes de Lisboa llevaron al rey Dionisio a pedir el traslado del centro a Coímbra, considerada un lugar más tranquilo. El traslado tuvo lugar el 15 de febrero de 1308, cuando el monarca promulgó una carta de fundación para la institución en su nueva sede. Las materias impartidas incluían derecho canónico y civil, medicina, dialéctica y gramática. La teología, que todavía no figuraba entre las disciplinas regulares de la universidad, se enseñaba en los conventos dominicos y franciscanos.1
La sede volvió a cambiar varias veces. Alfonso IV ordenó el traslado a Lisboa en 1339; en 1354 la universidad regresó a Coímbra, y en 1377 volvió a Lisboa. La larga etapa lisboeta concluyó con el traslado definitivo a Coímbra en 1537. Esta sucesión de sedes forma parte de los primeros siglos de una institución que no permaneció siempre ligada a una sola ciudad.1




